• قام ببيع الطائرات المملوكة لمصر للطيران بنظام الشراء التشغيلي ومرهونة بأصول مصر للطيران.
• قام بإدراج قيمة الطائرات علي إنها إيرادات للتغطية على خسائر الشركات التابعة لمصر للطيران، فعلى سبيل المثال شركة الخطوط الجوية بلغت خسائرها 580 مليون جنيه العام الماضي.
• قام ببناء ممر رابع وبرج مراقبة جديد بمطار القاهرة بتكلفة مليار و250 مليون جنيه بالرغم من وجود ثلاثة ممرات وبرج مراقبة مع أن كثافة حركة الطيران بمطار القاهرة لا تستدعي هذه الإنشاءات.
• قام ببناء "مول تجاري" أمام صالة الوصول رقم 3 بالمطار القديم بتكلفة 100 مليون جنيه ولم يحقق أية إيرادات وفشل المشروع في مطار شرم الشيخ
• تعيين أكثر من 600 لواء وعميد متقاعد في وزارة الطيران بلغت مرتباتهم الشهرية نحو 9 ملايين جنيه.
• نقل 3 من أصدقائه المقربين للعمل كمديرين لمكاتب مصر للطيران في الخارج، وهم محمد الكردي مدير مكتبه، وعبد الحميد شلبي لواء قوات جوية ومدير الأمن بوزارة الطيران، وأحمد البلتاجي الملحق العسكري بفرنسا، ووصل مرتب كل منهم إلى 20 ألف يورو شهريًّا.
• صندوق تطوير وتنمية الطيران رأس ماله يتراوح بين 200 إلى 300 مليون جنيه كان يتم التصرف فيه عبر أحمد شفيق شخصيًّا وبدون أية جهة رقابية.
• تم بيع طائرتي مصر للطيران الجامبو العملاقة بمبلغ مليوني جنيه، وهذا المبلغ لا يساوي ثمن محرك الطائرتين.
• مستشفى مصر للطيران تمَّ بناؤه بمجهود العاملين في مصر للطيران وتم تحويله بأمر من شفيق إلى مستشفى عام للشركات والفنانين، وتم عزل موظفي مصر للطيران في مبنى صغير.
• إسناد إدارة مستشفى مصر للطيران للواء عبد السلام حلمي، وهو ليس طبيبًا ولكنه مهندس حفلات أحمد شفيق.
• تخصيص الأرض الواقعة على طريق المطار خلف لابوار لابن أحد المسئولين، والذي أقام عليها مدينة ترفيهية، تم تخصيص هذه الأرض بسعر جنيه للمتر المربع